在捷克历史上，大学在科研中一直发挥着重要的作用。今天大学的科研在教青体部的协调下得到了新的资助系统和专门项目的支持。例如在2003年出台的国家研究计划中就有专门为大学设计的项目“支持科研新人”，在科研人力资源的子计划中也有支持大学的项目。在此之前，曾实施了支持更新大学科研仪器设备、建立大学计算机网络和信息基础设施和加强大学科研活动的项目。大学还从捷克科学基金会等国内外机构获得了大量的资助。基金会还通过提供博士后研究资助方式提供支持。有几所大学还建立了科技园。

　　捷克目前有国立大学27所，其中直属教青体部管理的23所，另有3所军事院校和1所警察院校分别隶属于国防部和内务部，在校学生20多万人，捷克科研网(www.czechrtd.cz)上列有名单和各大学的网址。另有37所私立大学，在校学生1万多人。

　　查理大学是捷克最古老的大学。最初她只设有神学、法律、医学和艺术学院，反映了当时中世纪的大学教育的面貌。后来，增设了社会科学、自然科学、数学和物理学院。到目前为止，查理大学仍然保持着捷克规模最大的大学的地位，并且在国内外享有盛誉。

　　布尔诺马萨里克大学建立于1919年，开始有医学、法律、哲学和自然科学学院，随后其他学院逐渐成立起来。

　　奥罗莫茨帕拉斯基大学成立于1573年，她的前身是耶稣会士学院，耶稣会士控制该学院达两个世纪，主要教授神学和哲学。1860年该学院解散，1946年恢复为大学。

　　布拉格捷克技术大学是中欧最古老技术大学。她的前身是1806年成立的工业学院，而工业学院的前身则是1707年成立的平民工程学校。1920年被核准为大学并更名为捷克技术大学。该大学现有6个学院：土木工程、机械工程、电子工程、核及物理工程、建筑和交通。大学还有其他机构如研究所、中心和出版社。

　　化工技术大学曾经是捷克技术大学的一部分，1952年成为独立的大学，有4个学院：化学技术、化学工程、食品与生物化学技术和环境保护技术。

　　布尔诺技术大学是1873年获得大学地位的。该大学的结构曾经经历了许多变化，直到1956年才稳定下来。她有9个学院，其中两个在兹林市。1999年在兹林的两个学院独立成立了托马斯拔佳大学。

　　俄斯特拉发采矿与冶金技术大学的历史可以追溯到18世纪，当时世界上第一所采矿与熔炼学校在亚亥莫夫成立。她最近的前身是1849年在普里布拉门成立的采矿学校。1945年迁至北摩那维亚及西里西亚工业中心的俄斯特拉发。

　　捷克农业大学前身是布拉格大学和捷克技术大学的一部分，1952年独立，现有农学、森林、农业经济及管理和技术学院，另有一个热带与亚热带农业研究所。

　　布尔诺孟德尔农林大学成立于1919年并经历了复杂的发展过程，现有农学、森林与木材技术、经济学和园艺4个学院。

　　布尔诺兽医药大学建立于1918年，学科逐渐扩张，现有制药、兽医药、兽医卫生和生态学院。

　　布拉格经济大学建立于1919年，最初是捷克技术大学的一部分，经过多次的变化，其经济学院成为1989年独立的经济大学的基础。现有金融与会计、信息与统计、国际关系、经济学与公共行政管理和工商管理学院。

　　其他一些大城市也建有大学，如布杰依为采的南波西米亚大学，比尔森的西波西米亚大学，乌斯季的伯肯尼大学，俄斯特拉发的俄斯特拉发大学，俄帕瓦的西里西亚大学，帕多比采的帕多比采大学，利贝雷茨的技术大学以及哈拉德茨克拉诺维的师范大学。

　　在布拉格和布尔诺还有一些专门从事艺术的院校，有的也有长达两百多年的历史。如艺术学院、表演艺术学院、建筑与工业设计学院和音乐与戏剧学院等。

　　自1990年新的高等教育法颁布以来，大学一直在努力成为主要的研究中心的之一。据统计1996年有19.2%的科研人员在大学工作，欧盟当时的水平是25.6%。到1999年比例增加到25%，欧盟的平均水平是35.9%。各大学从事研究与开发活动的比例不尽相同，有的大大低与从事教学活动的时间，而有的科研只占很小一部分。

　　大学在科研中起着不可替代的作用，特别是年轻的科研人员都是在大学培养的。已经采取了很多措施增加大学的科研活动。例如让大学参与一些重大项目和研究计划，设立博士后资助基金，与科学院及其研究所成立联合课题组，有的还包括工业界的研究人员。

　　(编辑：Alvin,Lulu)